February 2018 - mllab@ins.uni-bonn.de

Re: [Mllab] Practical Lab Arbeitsblatt
by Bastian Bohn 27 Feb '18

27 Feb '18

Hallo Lisa, alles klar, das macht dann natürlich mehr Sinn. Bezüglich einer Vorlage für die erste Seite: Ich versuche gerade den 1. Zettel in das ClassicThesis Framework zu setzen, das Jannik in unserem git Repository hochgeladen hat. Ich weiß nicht, ob du da drankommst, aber am sinnvollsten wäre es sicherlich, wenn du da einfach Zugang bekämst und das Blatt als extra Tex-File unter "chapter" anlegst. @Jochen: Ist das möglich/sinnvoll? Dann bräuchte Lisa ggf. noch Zugang zu dem Repo. Viele Grüße, Bastian On 02/20/2018 08:32 AM, Lisa Beer wrote: > Hallo, > > danke für die vielen Anmerkungen. Stimmt, scipy.sparse.linalg macht hier > nicht so viel Sinn. Das macht erst bei g**rößeren Datensätzen Sinn, wenn > man knn-Graphen betrachtet, um die Berechnungszeit zu verringern. Da > sind dann die Matrizen dünnbesetzt. > > Viele Grüße, > > Lisa Beer > > Am 19. Februar 2018 um 16:40 schrieb Bastian Bohn <bohn(a)ins.uni-bonn.de > <mailto:bohn@ins.uni-bonn.de>>: > > Achso: Wegen Vorlage zur ersten Seite, melde ich mich die Tage nochmal. > > Viele Grüße, > Bastian > > On 02/19/2018 04:39 PM, Bastian Bohn wrote: > > Hallo Lisa, > > > > danke vielmals für die Ausarbeitung. Das ist schon ein guter Start. > > > > Jannik und ich haben eben noch diskutiert und kamen auf folgende > > ergänzenden Punkte. Nicht erschrecken, dass es so viel ist. Die > > Ausarbeitung dient trotzdem als gute Basis, denke ich: > > > > In Kapitel 1: > > > > * Hier wäre es gut, noch etwas mehr Hintergrundmotivation für den > > Diffusion Maps Algorithmus zu haben. Also: Warum schaue ich mir > die EVs > > der normalisierten Kernmatrix an? Also ein bisschen die RandomWalk > Idee > > und Diffusion Distance Idee erklären. > > (Zumindest die Idee ohne Beweise) > > > > * Am Ende von Kapitel 1 fehlt eine kurze Anmerkung, dass die k-te > > Koordinate des (i+1)-ten EVs gerade die i-te Koordinate des k-ten > > Datenpunkts im Embedding Space ist. > > > > * Was genau ist mit \cdot \mathbb{I} in Algorithmus 1 gemeint? Ist das > > das Hadamard Produkt und \mathbb{I} = (1 1 ... 1) * (1 1 ... 1)^T ? > > > > In Kapitel 2: > > > > * Anstatt beide Zelldatensätze zu nehmen, wäre es evtl. sinnvoller den > > Moignard Datensatz wegzulassen und stattdessen noch einen > synthetischen, > > einfachen, kleinen Datensatz zu nehmen, auf den man Algorithmus 1 > zuerst > > anwendet. Zum Beispiel irgendwas, was mit PCA nicht so gut geht, > wo man > > aber ein schönes 3D Embedding mit Diffusion Maps hinbekommt. Falls > du da > > eine Idee hast, was gut passen könnte, gerne einfach reinpacken. > > > > * In der Beschreibung am Anfang von Kapitel 2 wäre es wichtig, etwas > > ausführlicher zu sein, z.B. was sind Beispiele für "Cell groups" > und was > > ist für die Biologen/Mediziner hier interessant? Also z.B. > > Sichtbarmachung der einzelnen Entwicklungsstadien als Cluster in einer > > niedrigdim. Einbettung. > > > > * Die Beschreibung des Preprocessings ist recht schwer zu > verstehen ohne > > die Daten gesehen zu haben, bzw. den Code zu kennen. Hier wäre es > > hilfreich vorher ein wenig mehr über die Struktur der Daten zu sagen > > (also wie sieht die Excel Tabelle konkret aus, vielleicht auch mit > > kleinem Bildausschnitt, wo z.B. die ACTB und GAPDH Genspalten/-zeilen > > gekennzeichnet sind). Hier müsste auch noch genauer beschrieben werden > > wie das Mitteln und Subtrahieren über ACTB und Gapdh gemeint ist. Am > > besten per Formeln. > > > > Vielleicht macht es hierbei auch Sinn die Formulierung in der Aufgabe > > etwas abzuändern, sodass es weniger ein Rezept ist "Tue Schritte A und > > B", sondern mehr Motivation, warum man die einzelnen Schritte tun > muss, > > z.B.: > > > > Über den Datensatz ist Folgendes bekannt: > > Data Cleaning: > > 1. Datenpunkte/-attribute zu 1-cell stage embryos sind unbrauchbar. > > 2. Der Wert 28 dient als Baseline Referenz. Werte über 28 deuten auf > > data corruption hin. > > Date Normalization: > > 3. Normieren Sie die Daten, indem sie die als endogene Kontrollgene > > geltenden Actb und Gapdh zur Mittelwertberechnung heranziehen. (Dann > > aber trotzdem noch mit Formel dazu, weil es sonst zu schwer > verständlich > > ist) > > > > > > > > Danke auch für den tollen Referenzcode! > > Eine Kleinigkeit noch zum Code, die Jannik aufgefallen ist: > > Du verwendest zur Eigenwertberechnung scipy.sparse.linalg, was auf den > > ersten Blick komisch ist, da die Kernmatrizen ja üblicherweise voll > > besetzt sind. Hat das einen besonderen Grund? > > > > > > @ Jochen und Jannik: Falls ich etwas vergessen haben sollte oder ihr > > etwas anders seht als hier geschildert, bitte ergänzen! > > > > > > Vielen Dank und viele Grüße, > > Bastian > > > > > > > > On 02/17/2018 09:06 PM, Lisa Beer wrote: > >> Hallo zusammen, > >> > >> ich habe jetzt eine vorläufige Version des Arbeitsblattes über > Diffusion > >> Maps und des dazugehörigen Notebooks erstellt (das Notebook > >> sheet_solution ist die "Musterlösung"). Kann ich ein Feedback > bekommen, > >> ob ich an der einen oder anderen Stelle etwas weglassen, hinzufügen, > >> bearbeiten soll usw.? Haben wir eine Vorlage für die Arbeitsblätter? > >> Also für die erste Seite vor allem? > >> > >> Viele Grüße, > >> > >> Lisa Beer > > > > > > > -- > Dr. Bastian Bohn > > Institut für Numerische Simulation > Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn > Wegelerstr. 6 > D-53115 Bonn > Germany > > Tel.: +49 228 73-60452 > Fax: +49 228 73-7527 > URL: http://wissrech.ins.uni-bonn.de/people/bohn.html > <http://wissrech.ins.uni-bonn.de/people/bohn.html> > > -- Dr. Bastian Bohn Institut für Numerische Simulation Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn Wegelerstr. 6 D-53115 Bonn Germany Tel.: +49 228 73-60452 Fax: +49 228 73-7527 URL: http://wissrech.ins.uni-bonn.de/people/bohn.html

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[Mllab] Registration
by Roman Wilhelm 26 Feb '18

26 Feb '18

Dear Sir or Madam, I would like to participate in the ML lab. Best regards. Roman Wilhelm

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[Mllab] Anmeldung für Practical Lab Numerical Simulation Algorithms in Machine Learning and Their Application
by tran ngu 23 Feb '18

23 Feb '18

Sehr geehrter Professor Garke, Professor Griebel, Ich heiße Tran, Minh Ngu. Ich bin ein Informatik-Student an der Universität Siegen. Ich habe diesen Kurse gefunden und ich interessiere mich dafür sehr und hoffe darauf, dass ich mich daran teilnehmen darf. Meine Frage ist, ob ich mich daran teilnehmen darf, wenn ich ein Student von einer anderen Universität bin. Vielen Dank Mit freundlichen Grüßen Tran, Minh Ngu.

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[Mllab] Praktikum - Aufbau
by Bastian Bohn 23 Feb '18

23 Feb '18

Hallo, ich habe mich eben wegen des HCMs mit Michael getroffen, wir haben aber dann auch kurz noch das Praktikum besprochen: Er ist soweit einverstanden mit unserer groben Idee, die sei auch didaktisch ok: 1. Lineare Verfahren (Least Squares, k-means), 2. SVM, 3. PCA, 4. Diffusion Maps 5. Deep Learning Aber er hätte gerne, dass wir noch einen 6. Zettel machen. Nachdem auf Zettel 5 die DNNs erklärt wurden und die Studenten genug Zeit hatten Anwendungserfahrung zu sammeln, soll dann auf Zettel 6 ein Projektteil zum Deep learning kommen, der individualisiert ist. Also z.B. 5 verschiedene Datensätze aus 5 verschiedenen Anwendungsbereichen (Finanz, Bilderkennung, etc.) und die Studentengruppen bekommen die Aufgabe einen Datensatz möglichst gut zu analysieren und mit einem DNN zu lernen. Wichtig ist ihm auch, dass dieses Blatt nicht zu kurz kommt (rein zeitlich). Wenn ich richtig gezählt habe, hat das Sommersemester 15 Wochen. Abzüglich der Pfingstwoche und der letzten Woche also 13 Wochen, in denen die Studenten arbeiten können. Die Frage ist, ob wir versuchen 6 Zettel unterzubringen und zwar so, dass der letzte Zettel spätestens 3 Wochen vor Semesterende rauskommt, oder ob wir zwei andere Zettel zusammenlegen, bzw. etwas streichen. Michael meinte, dass ein ganzer Zettel für Diffusion Maps vielleicht auch etwas viel sei, ginge aber wohl noch. Vielleicht macht es Sinn, PCA und Diffusion Maps auf einen Zettel "Dimension reduction" zu reduzieren? Viele Grüße, Bastian -- Dr. Bastian Bohn Institut für Numerische Simulation Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn Wegelerstr. 6 D-53115 Bonn Germany Tel.: +49 228 73-60452 Fax: +49 228 73-7527 URL: http://wissrech.ins.uni-bonn.de/people/bohn.html

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[Mllab] P4E1 Practical Lab Numerical Simulation
by Janos Meny 16 Feb '18

16 Feb '18

Dear Professor Garcke and Professor Griebel, i would like to participate in the practical lab "Algorithms in Machine Learning and Their Application". With kind regards Janos Meny

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