December 2010 - himalaya-users@ins.uni-bonn.de

[Himalaya-users] eifel
by Bram Metsch 16 Dec '10

16 Dec '10

Liebe himalaya-User, leider funktioniert die Klimaanlage im 7. Stock immer noch nicht wie sie soll und wir mussten die eifel-Knoten abschalten. Die Klimaanlage kann erst repariert werden, wenn das Dach gefahrlos betreten werden kann, d.h. kein Schnee oder Eis mehr liegt. Viele Gruesse, Bram.

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[Himalaya-users] eifel-Knoten
by Bram Metsch 13 Dec '10

13 Dec '10

Liebe himalaya-User, Die Klimaanlage wurde repariert und die eifel-Knoten ("-q" und "-qm", erreichbar ueber die quad"-Queue) sind wieder verfuegbar. Viele Gruesse, Bram.

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[Himalaya-users] Update himalaya
by Bram Metsch 07 Dec '10

07 Dec '10

Liebe himalaya-Nutzer, himalaya laeuft jetzt wie die Workstations unter Ubuntu 10.04 LTS. Zunaechst: Jeder muss seinen Code neu uebersetzen. Die wichtigste Neuerung besteht darin, dass wir jetzt OpenMPI statt MPICH als Standard verwenden. Fuer diejenigen, die qsub.binary zum Submitten von Jobs verwenden, aendert sich nichts. Alle anderen muessen den mpirun-Aufruf in ihren Skripten aendern: /usr/bin/mpirun -mca btl mx,sm,self -x GOTO_NUM_THREADS=1 -x MX_RCACHE=0 <Executable> <Optionen fuer Euer Programm> Wie ihr sieht, muss kein -machinefile und kein -np mehr spezifiziert werden. Stattdessen bedeutet: -mca btl mx,sm,self: Benutze Myrinet als Hochgeschwindigkeitsnetzwerk. Ohne diese Option geht die Kommunikation ueber das langsame Ethernet! -x GOTO_NUM_THREADS=1: Um die Anzahl der Threads fuer die GotoBLAS auf eine pro prozess zu begrenzen. Wer die GotoBLAS nicht nutzt, braucht diesen Parameter nicht -x MX_RCACHE=0 : Schaltet den Registration Cache des Myrinets aus. Dieser Parameter sollte immer angegeben werden, wenn Eure Anwendung ein nicht-Standard malloc verwendet (z.B. PETSc). Auf der /opt-Platte sind BlockSolve, Petsc und GotoBLAS bereits an das neue Ubuntu angepasst. Der Rest der /opt-Platte folgt in den naechsten Tagen. Die AMG-Nutzer finden die neu uebersetzte AMG-Library unter /home/metsch/CODES/AMGLIB. Wenn noch Fragen sind oder Euch Fehler auffallen, schreibt einfach an paradm(a)ins.uni-bonn.de. Viel Spass, Bram.

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